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口罩非无菌和无菌区别在于用途以及细菌状态不同。非无菌口罩和无菌口罩都是在无菌车间生产的，但是非无菌口罩上面可能细菌没有完全消灭干净，大多用于日常佩戴，而无菌口罩的细菌已经被完全消灭干净，多用于医疗用途，并且在包装时是独立包装。无菌口罩相比较非无菌口罩，杀菌效果相对比较好。